APOCALYPTICA en concierto

En 1998, tras el éxito de su primer álbum, lanzaron Inquisition Symphony, que contenía más de sus versiones de Metallica y de otras bandas como Sepultura, Faith No More y Pantera. Además incluía tres temas originales compuestos por Eicca Toppinen más una versión del clásico del compositor noruego Edvard Grieg, «In the Hall of the Mountain King». Tras este álbum comenzó su gira mundial.

Un año después Antero Manninen decide salir de la banda para seguir con sus estudios de música clásica. Fue reemplazado por Perttu Kivilaakso, quien al principio tocaba con ellos pero no pudo entrar oficialmente a la banda ya que era menor de edad y aún no había terminado sus estudios.En 1999 la banda fue invitada a tocar en la fiesta celebrada por el concierto de Metallica con la orquesta sinfónica de San Francisco, S&M. Un año después lanzaron su tercer álbum, Cult, que incluía en su mayoría canciones originales y dos versiones de Metallica. En Cult incluyen por primera vez otros instrumentos de orquesta y colaboraciones vocales, en este caso de Sandra Nasic, vocalista de la banda alemana Guano Apes, en el sencillo Path Vol. 2. Un año después lanzaron su primer DVD en vivo Live.

Un tiempo después la banda cambió de discográfica y las discusiones empezaron, Eicca y Max Liljadiscutían el futuro de la banda hasta el punto de que uno de los dos debía salirse de ella, los demás integrantes se pusieron del lado de Eicca y al final Max decidió dejar el grupo. Como no pudieron encontrar reemplazo la banda se convirtió en trío y Antero regresó con ellos, pero solo para tocar en vivo.

Para este tiempo Apocalyptica había encontrado su estilo propio, aun así sentían que le faltaba algo a la banda y decidieron invitar a un viejo amigo, Dave Lombardo, a quien conocieron en 1997 al tocar juntos «South of Heaven» de Slayer en Holanda.²​ Después de grabar algunas canciones con batería, quedaron sorprendidos de lo bien que sonaba la banda con ella y de inmediato supieron que eso era lo que faltaba al grupo.

Así, en 2003, lanzaron Reflections, dejando atrás las versiones y entrando a una nueva etapa. Un tiempo después lanzaron una versión revisada del álbum donde incluirían una nueva versión, «Seemann» de Rammstein, con la voz de Nina Hagen. Durante su gira, Apocalyptica invitó a Dave a tocar pero él no pudo por falta de tiempo, así que invitaron a otro batería, Mikko Sirén.

En 2005 lanzaron su álbum homónimo que incluía en el sencillo Life Burns a Lauri Ylonen, y en Bittersweet se crea una tríada de metal fines entre Apocalyptica, Lauri Ylonen y Ville Valo, vocalista de HIM, la canción más representativa de su álbum «Quutamo» fue editado en diferentes idiomas: inglés, francés y alemán. En diciembre del mismo año la banda presentó a su nuevo integrante, Mikko, quien había tocado en su gira y colaborado con algunas canciones.